Криптата при храм-паметника „Свети Александър Невски“ се нарича и Музей на църковното изкуство. Както навсякъде по света, така и в божия дом, построен преди 102 години, приземието е било замислено и оформено като гробница. Но никога не е използвано по предназначението си.
През 1949 г. Светият синод го предоставя на държавата с перспективата именно в него да се експонират църковни ценности. Минава още много време, преди директорът на Националната художествена галерия Николай Шмиргела да се опита да възроди идеята. През 1964 г. е взето решение Криптата да се превърне в музей на православното изкуство по българските земи.
В началото на 60-те години обаче по инициатива на Националната художествена галерия в Париж се организира голяма изложба с наши шедьоври, която е под патронажа на тогавашния министър на културата на Франция, известния писател Андре Малро. Експозицията има изключителен успех. След това е поканена да гостува и на други места. Така се решава тя да стане постоянна като филиал на Националната художествена галерия. Открита е през 1965 г. с творби, постъпили в Народния музей преди 1944.
В подземния етаж на катедралата е разположена Криптата, действаща като художествена галерия. Тя не е собственост на храма. Създадена е през 1965 г. като филиал за средновековно и възрожденско българско изкуство на Националната художествена галерия. Заема изцяло пространството под храмовата вътрешност, а височината й е 3,75 метра. Тук се намира и „основният камък” на храма, означен като голям правоъгълник, покрит с пирамидален покрив.
В хронологичен ред са подредени около 300 експоната, предимно икони, а също и стенописни фрагменти, щампи и църковна утвар. Експонатите датират от IX в. до края на XIX в. Колекцията е най-представителната сбирка, разкриваща развитието на иконописта по българските земи.
